En fait, c'est un logiciel particulier qui fait ça. Je ne connais pas son nom exact, mais il se lance par la commande xdg-user-dirs-gtk-update.
Avec une recherche Google, je vois un message à son propos sur un forum Fedora, donc je suppose qu'il va être utilisé sur de plus en plus de distributions.
Si je me souviens bien, son fonctionnement est tout simple : il vérifie la traduction locale d'un dossier (stockée je ne sais plus où) et fait le lien au passage. C'est bizarre que PlayOnLinux ne soit pas compatible avec, à moins qu'il suppose l'utilisation d'une variable d'environnement alors que vous utilisez le nom du dossier "en dur" (par exemple qu'il y ait une variable du style $DESKTOPFOLDER qui corresponde à "Desktop" ou à sa traduction si le soft xdg tourne).
Bref, il faudrait que vous regardiez de ce côté pour voir son fonctionnement et adapter PlayOnLinux si c'est possible.